El Programa de Vigilancia Epidemiológica Fitosanitaria operado por el Comité Estatal de Sanidad Vegetal de Guanajuato, abarca áreas agrícolas, silvestres, marginales y urbanas, identificadas como zonas de riesgo, para la introducción, establecimiento, o en su caso, dispersión de plagas de importancia cuarentenaria.

Actualmente se realiza la Vigilancia Epidemiológica activa y pasiva de plagas en los principales sistemas productores del estado, a través de acciones operativas como: *Rutas de trampeo.
*Rutas de vigilancia.
*Áreas de exploración.
*Exploración puntual.
*Muestreo y Plantas centinela.

Plagas y enfermedades:

* Complejo escarabajo barrenador polífago (Euwallacea sp. -Fusarium Euwallaceae).
* Complejo escarabajo ambrosia del laurel rojo (Xyleborus glabratus -Raffaelea lauricola).
* Chinche marmolada (Halyomorpha halys).
* Gorgojo Khapra (Trogoderma granarium).
* Gusano de la mazorca (Helicoverpa armigera).
* Gusano oriental de la hoja (Spodoptera litura).
* Palomilla del tomate (Tuta absoluta).
* Palomilla europea de la vid (Lobesia botrana).
* Enfermedad de Pierce (Xylella fastidiosa subsp.fastidiosa).
* Pudrición negra de la vid (Guignardia bidwelli -Phyllosticta ampelicida).
* Roya de la vid (Phakopsora euvitis).
* Virus del complejo de la hoja enrollada de la vid (GLRaV-1; GLRaV-2 y GLRaV-3).
* Chancro de la vid (Xanthomonas campestris pv.viticola).
* Quemadura de la hoja (Xylella fastidiosa).
* Roya negra del tallo del trigo (Puccinia graminis f. sp.tritici raza Ug99).
* Tortrícido anaranjado (Argyrotaenia franciscana).
* Moscas exóticas de la fruta.