Los programas a desarrollarse en el estado de Guanajuato contemplan la atención de los problemas fitosanitarios asociados a diversos cultivos como maíz, frijol, trigo, aguacate, agave, frutales, frutillas, sorgo, vid, agricultura protegida y viveros de material propagativo.

El Comité Estatal de Sanidad Vegetal de Guanajuato, a través de la operación de programas y campañas fitosanitarias en coordinación con productores e instituciones federales y estatales, realiza actividades de prevención, evaluación, manejo y control de plagas y enfermedades.